灵宝天尊居“三清尊神”第二位。南北朝时《上清》《灵宝》经相继出现太上玉晨大道君、太上大道君。梁陶弘景《真灵位业图》列第二神阶中位，名“上清高圣太上玉晨玄皇大道君”为万道之主。《云笈七签》卷一百一的《太上道君纪》《上清高圣太上玉晨大道君纪》所记略同，但又稍有差异。
据《灵宝略纪》称：“太上大道君以开皇元年托胎于西方绿那玉国，名曰器度字上开元，及其长乃启悟道真，期心高道，坐于枯桑之下，精思百日。
灵宝天尊原称上清高圣太上玉晨元皇大道君。齐梁高道陶弘景编定的《真灵 位业图》列其在第二神阶之中位，仅次于神阶中位之元始天尊。唐代时曾称为太上大道君，宋代起才称为灵宝天尊或灵宝君。
道经说他是在宇宙未形成之前，从混沌状态产生的元气所化生。原是“二晨之精气，九庆之紫烟”，后托胎三千七百年诞生，住在上清境的玄都玉京仙府，有金童、玉女各30万人侍卫，万神朝拜，超度之人不计其数。有三十六变七十二化，人们随时随地都可以见到他。
后二仪化分，元始天王居天中心之上，仰吸天气，俯饮地泉。又经数劫，与太元玉女通气结精，生天皇西王母，天皇地皇，地皇生人皇，其其后庖羲，神农皆苗裔也。并曰：“玄都玉京七宝山，在大罗之上，有上、中、下三宫。上宫是盘古真人、元始天王、太太圣母所牿。”此时，还只有元始天王的称呼。直到南朝时，梁陶弘景《真灵位业图》才始有“元始天尊”之号。该书一阶中位神为“上台虚皇道君”，应号“元始天尊”，称“玉清境元始天尊”为主。